La Communauté de Communes du Tournugeois a poursuivi et amplifié la politique de collecte sélective, de tri et de valorisation des déchets initiée par le SIVOM Bresse Tournugeois dont elle a repris les compétences.
Les habitants sont mis à contribution : il leur est demandé de séparer les déchets ménagers, les emballages recyclables ou valorisables, le verre, les journaux et magazines, la ferraille... En habitat individuel, ils ont aussi été incités à acquérir des composteurs individuels afin de valoriser eux-mêmes leurs déchets ménagers fermentescibles en les utilisant comme fertilisant naturel dans leurs jardins. Depuis 2014, des composteurs collectifs sont également proposés aux habitants du centre-ville et des immeubles collectifs.
Dans certaines conditions, selon le type de déchets, et, moyennant finances (ils sont soumis à une redevance spéciale), les professionnels peuvent aussi bénéficier des services collectifs pour le ramassage de leurs déchets de type ménager mais doivent s'adresser à des entreprises spécialisées pour la collecte et l'élimination de tous leurs autres déchets.
Elle se fait sous deux formes : ramassage par les services communautaires et apport en déchetterie par les habitants.
Avec ses camions-bennes, la Communauté collecte les déchets ménagers une fois par semaine dans toutes les communes. Certains Tournusiens bénéficient cependant d'un ramassage plus fréquent, 2 ou 3 fois par semaine en résidence collective (HLM et copropriétés), 3 fois par semaine pour les habitants du centre-ville où la place manque pour installer des conteneurs (dans une partie du centre-ville, les conteneurs ont même été enlevés et remplacés par la collecte des sacs au pied de la porte grâce à l'acquisition par la Communauté de Communes d'un camion-benne de petit gabarit). Le surcoût de ce traitement de faveur est en partie supporté par ses bénéficiaires dont la taxe d'enlèvement des ordures ménagères est plus importante.
Au centre de Tournus, les cartons sont collectés tous les jeudis pour les commerçants et, sur demande, pour certains prestataires de services.
Effectuée un jeudi par quinzaine, la collecte du verre ne concerne que les résidences collectives, les restaurants et les brasseries.
Tous les jeudis, les emballages sont collectés, en habitat collectif et en centre-ville.
Enfin, chaque trimestre, les particuliers des 11 communes rurales (toute la Communauté de Communes sauf Tournus) qui se sont préalablement inscrits dans leur mairie peuvent bénéficier d'une collecte à domicile de leurs objets encombrants et d'une autre pour la ferraille.
Actuellement, la Communauté de Communes du Tournugeois ne dispose que d'une seule déchetterie, zone industrielle des Joncs, à Tournus. En 2006, elle avait recueilli 2 423 tonnes de déchets au cours de 32 200 passages de particuliers et de professionnels. Le bilan 2008 montre une progression des tonnages collectés et une amélioration de la qualité du tri réalisé par les usagers, seul moyen d'augmenter les quantités de matériaux recyclés ou valorisés et donc de limiter une facture malgré tout en constante augmentation en raison de l'augmentation de la taxe d'enfouissement.
L'accès est limité aux seuls habitants de la Communauté de Communes (gratuité totale pour les particuliers mais il peut y avoir une limite aux quantités pouvant être déposées par chaque utilisateur) et aux entrepreneurs qui peuvent justifier de la réalisation d'un chantier sur le territoire communautaire (service payant en fonction des quantités déposées).
La déchetterie recueille séparément le verre, les journaux, les emballages, les cartons, la ferraille, les textiles, les pneus, les gravats, les huiles de vidange, les batteries, piles et accus, les déchets ménagers spéciaux (peinture, solvants, tubes néon...), les objets encombrants et les déchets végétaux (tontes de pelouse, branchages...).
Pour limiter les déplacements individuels à la déchetterie, les habitants de la Communauté disposent de points d'apport volontaire dans différents quartiers de Tournus et dans tous les villages. Des "colonnes de tri" (de grands conteneurs) sont à disposition des habitants pour recueillir séparément le verre, les journaux et magazines, les emballages, les déchets ménagers.
La Communauté de Communes du Tournugeois adhère depuis fin 2009 au SMET Nord Est 71 (Syndicat Mixte d'Etude et de Traitement des déchets du Nord-Est de la Saône-et-Loire) qui a construit à côté de Chagny une unité de tri et de méthanisation qui doit commencer à produire du gaz début 2015. Ce gaz sera utilisé par une entreprise industrielle située à proximité immédiate.
La Communauté de Communes pratique aussi la valorisation des déchets, de différentes façons selon leur nature.
Dans un premier temps, les citoyens sont associés au processus en triant les déchets avant le ramassage en porte à porte ou l'apport à la déchetterie et sont invités à réduire le volume de leurs déchets en compostant eux-mêmes les déchets fermentescibles.
Une fois apportés à la déchetterie les déchets recyclables (papier, carton, verre, textiles, ferraille, emballages en plastique, déchets d'équipements électriques et électroniques, piles et batteries...) sont confiés à des entreprises spécialisées. Outre le prix de la revente de ces matériaux, la Communauté perçoit des subventions d'organismes tels que Eco-Emballages : ces recettes diminuent le coût du service au profit des contribuables soumis à la taxe d'élimination des ordures ménagères... d'où l'intérêt pour chacun de trier le plus soigneusement possible ses déchets.
Une recyclerie dotée d'un magasin ouvert au public et situé au-Pas-Fleury permet également une meilleure valorisation de certains dépôts, y compris par la revente d'articles d'occasion de bonne qualité, et l'emploi de personnes en situation d'exclusion.
Plus que jamais et, chaque jour plus que la veille, il importe non seulement de bien trier et recycler nos déchets mais aussi de veiller à leur réduction à la source en utilisant un cabas ou un panier plutôt qu'un sac de caisse en plastique (ces sacs seront d'ailleurs bientôt interdits par la législation), en choisissant les produits en fonction de la nature et de la complexité de leur emballage (il faut à tout prix éviter les produits suremballés), en fonction de leur longévité supposée (mieux vaut souvent payer un peu plus cher des objets de qualité qui dureront plus longtemps que des objets bas de gamme qu'il faudra remplacer plus fréquemment)... Nous devons aussi envisager plus souvent la réparation des objets usagés au lieu de leur remplacement. En tant que citoyen(ne)s, nous avons le devoir de réfléchir individuellement et collectivement à de nouvelles façons de consommer plus respectueuses de notre environnement.