Alors qu'un projet de Pays de Bresse englobant le canton de Tournus voyait le jour en 1998, des élus et des membres de la "société civile" du Tournugeois, peu attirés par l'idée de se trouver à la frontière de cette nouvelle entité ont eu l'idée de créer un Pays du Tournugeois qui ne regrouperait que les cantons de Tournus, Cuisery, Sennecey-le-Grand, Saint-Gengoux-le-National et Lugny. Cela ne manquait pas de sens, la plupart des communes de ces cantons ayant une longue histoire en commun et de nombreux habitants actuels résidant dans l'un d'eux et travaillant dans l'un des autres.
Qualifiée de "projet fou" par le président du Conseil Général de l'époque l'idée fit pourtant son chemin et un projet fut bâti. Un grand nombre de personnes concernées, des élus en particulier, manquèrent malheureusement de dynamisme et le projet capota.
Dès 2002, ayant bien compris tout l'intérêt de cette nouvelle forme de coopération intercommunale permise par la Loi d'Orientation sur l'Aménagement et le Développement Durable du Territoire dite "loi Voynet", les cantons de Sennecey et Saint-Gengoux décidaient d'entrer dans l'aggomération de Châlon-sur-Saône et le périmètre du futur Pays du Chalonnais.
Le canton de Lugny se sentant plutôt attiré par le Mâconnais, le projet était caduc et c'en était fini du Pays du Tournugeois.
En 2004, le Pays de Bresse bourguignonne voyait le jour et le canton de Cuisery y entra rapidement tandis que le canton de Tournus se déchirait entre communes favorables et communes opposées au point de conduire la toute jeune Communauté de Communes du Tournugeois au bord de l'éclatement. S'il ne s'agissait que d'un pis-aller par rapport au Pays du Tournugeois, il y avait cependant de bonnes raisons d'adhérer au Pays de Bresse tout comme il n'y avait aucune obligation de le faire et la solution retenue semble encore être celle de la sagesse : afin de sauvegarder l'unité de la Communauté il fut en effet décidé in extremis de n'adhérer pour le moment à aucun pays.
En 2007, pour permettre aux communautés de communes non membres de Pays de bénéficier tout de même des subventions européennes allouées aux zones géographiques dans lesquelles elles se trouvent, le Conseil Général de Saône-et-Loire a incité ces communautés de communes à se regrouper. Après étude, la Communauté de Communes du Tournugeois a participé à la fondation de ce groupement désormais devenu PETR Mâconnais Sud Bourgogne. Depuis avril 2010 le Pays a pris son essor et la Communauté de Communes du Mâconnais-Tournugeois accueille aujourd'hui l'une des 3 recycleries créées dans le cadre du Pays. Par la suite, le Pays est devenu PETR (Pôle d'équilibre territorial et rural) par la fusion de l'ADEMVAL (Agenge de Développement Économique du Mâconnais VAL de Saône), du Pays Sud Bourgogne (dont la forme initiale était un syndicat mixte) et du SCOT Mâconnais-Clunisois (Schéma de COhérence Territoriale).
En parallèle avec les derniers soubresauts de l'adhésion ratée au Pays de Bresse, un projet de Pays d'Art et Histoire a vu le jour entre les communautés de communes des cantons de Cluny, Lugny, Saint-Gengoux-le-National et Tournus (pour le canton de Tournus, seules les communes membres de la Communauté de Communes du Tournugeois sont concernées). Rien à voir cependant avec les vastes possibilités offertes par les Pays au sens de la Loi Voynet mais le projet a pu aboutir, une association a été créée fin 2006 pour le porter et une Animatrice du patrimoine a été recrutée.
Côté financement, chaque communauté de communes verse 1,5 € par habitant (montant susceptible d'évoluer) et l'Etat apporte des subventions.
Côté compétences, un Pays labellisé Art et Histoire car c'est de cela qu'il s'agit doit essentiellement valoriser son patrimoine culturel et bâti. On voit vite l'intérêt d'un tel Pays en matière de tourisme culturel, sportif, gastronomique, etc. autant en Clunisois qu'en Tournugeois où l'art roman, le vin, l'artisanat d'art, la Voie Verte (ancienne voie ferrée aménagée en itinéraire de promenade familiale et sportive entre Chalon et Cluny) et la Voie Bleue (qui relie Tournus à Mâcon par l'ancien chemin de halage réhabilité le long de la Saône) occupent une place importante.
Martailly-lès-Brancion, petit village du Tournugeois, est au cœur du dispositif d'animation du Pays d'Art et Histoire avec, en projet, une Maison du Patrimoine et un Centre d'Interprétation de l'Architecture et du Patrimoine situés dans le hameau de Brancion (une dizaine de kilomètres de Tournus et de l'axe nord-sud constitué par la RN6, l'A6 et la voie ferrée Paris-Lyon).
Site du Pays d'Art et d'Histoire Entre Cluny et Tournus : www.pahclunytournus.fr